摘要：研究人员开发了“ tomoseqr” - 一种新的软件工具，可以轻松估算基因表达的三维（3D）空间分布。 Tomoseqr可以免费使用，并已将其集成到生物科学软件中广泛使用的国际平台中。这种创新的工具将有可能帮助研究人员确定与生物体开发，疾病机制和再生生物学有关的关键基因。...
了解基因表达的3D空间分布（其中基因在生物组织中具有活性或无活性）对于发现基因功能至关重要。估计该分布的一种方法是RNA层析成像，涉及沿三个正交轴制备冷冻组织切片，对每个部分进行RNA测序（基因表达分析），并将表达数据叠加到重建3D基因表达图。但是，处理这些数据需要高级编程技能，这对于没有计算专业知识的研究人员来说是具有挑战性的。
大多数情况下，研究人员开发了TomoseQR，这是一种用户友好的软件，旨在估计3D空间基因表达分布。 TomoseQR具有直观的图形用户界面，可简化组织形态数据的创建并实现3D基因表达模型的可视化。该软件是免费的，使得广泛的研究社区可以访问此复杂分析。
通过将tomoseqr应用于斑马鱼的基因表达数据，研究人员成功地再现了已知的基因表达模式，从而确认了软件的准确性。此外，他们分析了平面型的大约18,000个基因，这是一种以其再生能力而闻名的模型生物，并绘制了每个基因表达的3D空间分布。这种数据驱动的方法还鉴定出具有显着空间波动的基因，这表明它们在生物学功能（例如组织再生）中的潜在作用。
值得注意的是，tomoseqr是由全球公认的生命科学软件平台BioConductor采用的，使各个领域的研究人员都可以利用其能力进行3D基因表达分析。该工具将有可能推动发展生物学，疾病研究和再生医学的进步，从而扩大了科学发现的机会。
这项工作得到了日本促进科学协会（JSP）KAKENHI赠款编号JP22K15127，向MK，JP22K17992授予HO和JST-MIRAI计划赠款编号JPMJMI20G7 jpmjmi20g7。
